Préchauffer. Régler le four à 200 °C.
Chauffer l'eau. Dans une casserole, verser l'eau, le beurre coupé en morceaux et le sel, puis porter à ébullition.
Dessécher la pâte. Hors du feu, ajouter toute la farine tamisée d'un coup. Mélanger énergiquement, puis dessécher à feu doux environ 1 min, jusqu'à ce que la pâte se détache des parois.
Incorporer les œufs. Laisser tiédir, puis ajouter les œufs un à un, en mélangeant bien entre chaque pour obtenir une pâte lisse et brillante.
Ajouter le fromage. Incorporer le comté râpé, la muscade et le poivre, en réservant un peu de fromage pour le dessus.
Dresser. À l'aide de deux cuillères à café, déposer des petits tas espacés sur une plaque beurrée ou chemisée. Parsemer du fromage réservé.
Cuire. Enfourner environ 25 min, sans ouvrir la porte, jusqu'à ce que les gougères soient bien gonflées et dorées.
Servir. Déguster tiède ou chaud, à l'apéritif ou en entrée !